Foraminiferer er små (< 0,5 mm) bunnlevende, marine, encellede organismer med et skall av kalk eller sammenkittede korn. Som en del av organismesamfunnet på bløtbunn, påvirkes foraminiferene av flere typer miljøbelastning, spesielt organisk belastning og endringer i oksygenforholdenen i bunnvannet. Tidligere undersøkelser har vist at bunnlevende foraminiferer reflekterer miljøforholdene de lever i og kan dermed brukes til å gi informasjon om økologisk tilstand og levevilkår på sjøbunnen.

I oktober 2017 ble det samlet inn bunnsedimenter på 12 stasjoner. Resultatene viser at den økologiske tilstanden er svært god utenfor Drøbaksterskelen og innover i Vestfjorden.Deretter forringes tilstanden innover i fjorden til Bunnefjorden hvor den økologiske tilstanden er svært dårlig, dvs. stort avvik mellom dagens økologiske tilstand og naturtilstanden. I to sub-bassenger aviker tilstanden fra tilstanden i deres respektive hovedbasseng. I Steilenebassenget i Vestfjorden er forholdene dårligere enn i Vestfjorden forøvrig. I den nordøstre del av Bekkelagsbassenget er tilstanden bedre enn i nærliggende basseng.

Det er generelt svær høy konsentrasjon av organisk karbon i overflatesedimentene i Indre Oslofjord. Unntaket er ved en stasjon i Bekkelagsbassenget som ble kunstig tildekket med ren marin leire i 2007, som har et lavt innhold av totalt organisk karbon.

Korrelasjonen mellom foraminiferdata og målte oksygenkonsentrasjoner i bunnvannet er svært god. Dette gir en sterk indikasjon på at oksygen er en av de viktigste faktorene som styrer faunasammensetningen i Indre Oslofjord.

Etter en delvis dypvannsfornyelse i Bunnefjorden våren 2018, ble det gjennomført et oppfølgingsprosjekt i 2018. Konklusjonen av denne undersøkelsen var at den delvise bunnvannsfornyelsen har påvirket foraminifer-faunaen. Hyppigheten har tre-doblet seg på stasjonene grunnere enn ca. 100 m samt at lav-oksygen tolerante arter har blomstret opp.  Diversiteten er fortsatt lav  og den økologiske tilstand er uforandret.